Прошивка предназначена для работы без зонда, как она будет вести себя с лямбдой понятия не имею, соответственно надо отключать.
Про АКБ - что там пишет производитель в инструкции по ремонту я уже не помню, скорее всего рекомендуют отключать АКБ.
Вдогонку сразу отвечаю по следующим вопросам http://www.e34.su/forum/topic/24802-proshivki-dlia-motronika/?p=1526553